O “.htaccess” é um arquivo de orientação/leitura utilizado pelo servidor Apache nas hospedagens da plataforma Linux. Com o htaccess você pode aplicar mudanças específicas em diretórios distintos de parâmetros como, por exemplo, register_globals, magic_quotes_gpc, include path e outros.
Para utilizá-lo crie um arquivo de texto inserindo no conteúdo os códigos desejados, em seguida, basta enviar o arquivo para seu FTP e renomea-lo para .htaccess com o ponto em frente e sem extensão.
O php.ini é também um arquivo de configuração do php, porém, é preciso entender que para plataformas Linux, o PHP roda como um módulo do Apache, logo, é possível manipular o php usando o arquivo .htaccess, pois este é um recurso do próprio Apache, dispensando assim a necessidade do php.ini.
Para plataformas Windows, o PHP é executado dentro do IIS (Internet Information Services) através do modulo FASTCGI, o que não permite o uso de arquivo .htaccess, sendo necessário desta maneira o uso do arquivo php.ini.
As configurações globais, por default, são as mais seguras (ex: register_globals = off). Caso necessário modificações específicas de parâmetros para o seu site, basta acessar seu Painel de Controle e adicionar um arquivo PHP.ini exclusivo em sua Hospedagem, através da ferramenta Gerenciador de Serviços IIS.